Elk denkbaar gastro-intestinaal (maagdarm) symptoom, waaronder diarree, braken, verstopping met koliek, bloederige ontlasting, opgeblazen gevoel in de buik en buikpijn is aan voedselallergie toegeschreven. IgE-gemedieerde gastro-intestinaal voedselallergie komt vaker voor dan de hieronder beschreven aandoeningen. De symptomen hangen nauw samen met de voedselinname en in dergelijke gevallen is er bewijs voor allergeenspecifieke IgE-antilichaamvorming tegen geïdentificeerde voedingsmiddelen.

De meest voorkomende oorzaak van gastro-intestinale allergie op de zuigelingenleeftijd is overgevoeligheid voor koemelkeiwit, omdat dit het eerste eiwit is waarmee baby's in aanraking komen. Andere eiwitten zoals soja-eiwit, kippenei-eiwit, vis, pinda en noten kunnen echter ook maagdarm problemen veroorzaken. Melkallergie verdwijnt doorgaans vanzelf en komt na de leeftijd van 2-3 jaar zelden voor. Allergie voor andere voedingsmiddelen blijft vaak langer bestaan. Het oraal allergiesyndroom (OAS) is een door voedsel opgewekte allergie die de lippen en het slijmvlies van de keelholte aantast. Aangezien OAS grotendeels gerelateerd is aan een allergie voor boompollen, als gevolg van overeenkomstige allergenen in zowel fruit en groenten als in pollen, wordt deze voornamelijk bij oudere kinderen en volwassenen waargenomen.

Diverse gastro-intestinale aandoeningen op de kinderleeftijd kunnen met IgE-gemedieerde voedselallergie worden verward zoals: Niet-IgE-gemedieerde gastro-intestinale voedselallergie zoals bijv. coeliakie: zuigelingen met coeliakie vertonen voor hun leeftijd een groeiachterstand, vooral wat betreft gewicht, en hebben een voorgeschiedenis van chronische diarree, anorexie en braken.

De ontlasting is volumineus en stinkt. De aandoening wordt vastgesteld door (1) aantonen van IgA/IgG-antilichamen tegen gliadine en/of IgA-antilichamen tegen tissuetransglutaminase, (2) een dunnedarmbiopsie die een niet-specifieke afgevlakte laesie laat zien, en (3) respons op een glutenvrij dieet. De behandeling bestaat uit een glutenvrij dieet gedurende het gehele leven.

Lactose-intolerantie: deze aandoening wordt veroorzaakt door een tekort aan het enzym lactase in het dunnedarmslijmvlies. De patiënt heeft last van diarree, opgezette buik en krampen na de consumptie van melk. Lactasedeficiëntie wordt gescreend via de lactosetolerantietest.
Cystische fibrose: op vroege leeftijd kan de diarree bij cystische fibrose lijken op gastro-intestinale allergie. De pathofysiologische en diagnostische kenmerken van cystische fibrose zijn (1) een tekort aan pancreasenzymen, (2) progressieve chronische, obstructieve, infectieuze en destructieve longziekte en (3) verhoogde concentraties natrium en chloride in zweet. De zweettest is de enige diagnostische test.

Naar schatting komt IgE-gemedieerde gastro-intestinale voedselallergie voor bij 1 tot 3% van de zuigelingen tijdens hun eerste levensjaar en bij ongeveer 0,5% van de oudere kinderen.